Профессионально занимаясь психотерапией, Пьер-Феликс Гваттари стал резким критиком психоанализа как идеологии, встроенной в систему полицейского государства. Взамен совместно с Жилем Делёзом они разработали концепцию шизоанализа, в значительной мере направленного на критику капитализма в его связи с шизофренией.
«В 25 лет я был вполне счастлив, будучи одновременно троцкистом, анархистом, фрейдистом, последователем Лакана и плюс к тому ещё и марксистом» (Ф. Гваттари)
Загребский университет в нынешней Хорватии может гордиться тем, что строить его корпуса помогал сам интернационалист Гваттари: 19-летним он отправился в Югославию Тито руководить добровольной рабочей бригадой от секции Четвёртого интернационала, Международной коммунистической партии. Во многом, конечно, Феликс делал это в пику своему отцу, который был членом военизированной ультранационалистической организации «Огненные кресты».
Десятилетие — с 1955 по 1965 годы – неуёмный Гваттари был автором статей и редактором антиколониальной троцкистской газеты «La Voie Communiste» («Коммунистический путь»), в 1965 году основал организацию «Левая оппозиция». В 1967 году он стал соучредителем Организации солидарности и помощи революции в Латинской Америке. Также Гваттари состоял в «Центре инициатив по созданию нового пространства свободы», в движениях солидарности с народами Вьетнама и Алжира, в организации дружбы Франции и КНР. Несомненно, он участвовал в протестах «Красного мая» 1968 года в Париже, будучи среди инициаторов оккупации Высшей нормальной школы и театра «Одеон» и предпринимая усилия по объединению студенческих и рабочих активистов. Там он и встретился с Жилем Делёзом.
Двухтомник Гваттари и Делёза так и назывался: «Капитализм и шизофрения». В 1972 году вышел первый том, «Анти-Эдип» (о том, что на почве психики разыгрываются все трагедии мира, а не только трагедия Эдипа), а затем второй – «Тысяча плато». Гваттари было где черпать свои наблюдения: еще 20 лет назад, в 1953-м, он был в числе основателей клиники «La Borde», ставшую эталоном и основным центром распространения аналитической «институциональной психотерапии», противостоявшей институту традиционной психиатрической больницы. Клиника вела эксперимент в стиле более известного в будущем западнонемецкого «Социалистического коллектива пациентов». Её идеологом считался каталонский психиатр Франсуа Токель, ветеран антифранкистских отрядов времён Гражданской войны в Испании и наставник Франца Фанона (теоретика антиколониализма) как психоаналитика.
Основная идея шизоанализа состоит в том, что человеческое бессознательное функционирует по марксистской аналогии с производством, у которого есть инвестиции, машины производства («машины желания»), собственно производство, воспроизводство и все с ними связанное. В этом смысле психическое поле смыкается с социальным. Шизоанализ утверждает, что психоанализ есть репрессия по отношению к желанию, которое сводится только к одному сценарию — «грязной семейной истории», тем самым не достигая уровня социальных инвестиций либидо. Это выражается, в частности, в том, что психоанализ понимает только невротика, но не психотика и шизофреника. Свою психиатрическую и психоаналитическую практику Феликс Гваттари, выступающий против «театрализации» машин желания, персонификации их в «Сверх-Я», «Я» и «Оно», определяет словом «трансверсальность», подразумевающим пересечение и даже наложение различных форм знания и различных полей становления субъективности. Философской основой позиции шизоанализа, кроме марксизма, является также постмодернизм.
Известны следующие сольные труды Гваттари: «Психоанализ и трансверсальность» (1972), «Молекулярная революция» (1977), «Машинное бессознательное» (1978), «Шизоаналитические картографии» (1989), «Три экологии» (1989). Резкое неприятие бюрократизации и формализации как в политике, так и в науке подтолкнуло его к идеям развития революционной спонтанности и творческого потенциала масс, вдохновение для которых он находил в опыте Владимира Ленина и Антонио Грамши.
Во время «свинцовых 1970-х» Феликс много времени проводил в Италии и сблизился с местными автономистами, которые, идейно находясь на стыке марксизма и анархизма, проповедовали прямое действие в противовес конформистскому реформизму традиционных партий и профсоюзов. Делёз и Гваттари отрицали террористические методы и защищали от экстралиции из Фрации в Италию многих итальянских ультралевых, в частности, идеолога «Рабочей автомии» Тони Негри, судимого по обвинению в причастности к террористам из «Красных бригад». В 1985 году Гваттари в соавторстве с Негри выпустят книгу «Новые пространства свободы» переведенную на английский под названием Communists Like Us — «Коммунисты, как и мы».
В 1978 году Гваттари нелегально проник на палестинскую территорию с целью организации палестино-израильских переговоров. Когда в 1981 году социалиста Франсуа Миттерана избрали президентом Франции, даже такой радикал как Гваттари стал советником министра культуры Жака Ланга, известного своим законом об установлении фиксированных цен на книги (он до сих пор действует в стране). Однако уже в 1984 году левый курс был свёрнут и провозглашена политика «жёсткой экономии», и Гваттари разочаровался в перспективах социалистических трансформация парламентским путём. Он организовал две свободных радиостанции в Париже, все свои силы отдавал экологическому движению и ушёл как жил: в 62 года от сердечного приступа.
В своей последней книге «Chaosmosis» (1992) Гваттари впритык обратился к вопросу о субъективности, который занимал его всю жизнь: «Как ее производить, собирать, обогащать, постоянно изобретать заново, чтобы сделать ее совместимой с мутирующими Вселенными ценностей?»